売る価格が低い土地は100万円引ける？｜低未利用土地の特別控除と、市区町村の確認書

古い家が建ったままの小さな土地を、安い値段でも手放したい。そう思っている方は、売値の低さに引け目を感じがちです。けれど税金の世界には、売る価格が低いほうが使える特例があります。売った利益から100万円を引ける、「低未利用土地等の特別控除」という制度です。

使える土地には条件があり、市区町村が出す「確認書」も要ります。この記事では、国税庁と国土交通省の資料をもとに、自分の土地が当てはまるかを順に確かめられるようにしました。使えない場合の見分け方も先に書いています。

結論
売る価格が500万円以下（市街化区域などは800万円以下）で、5年を超えて持っていた個人の土地なら、売った利益から最大100万円を引ける可能性があります。使うには、売る前後の状況を市区町村に確認してもらった「確認書」が必要です。
売値が上限を超える土地や、そもそも利益が出ない売り方では使えません。まず「使えない3つ」から見て、当てはまらなければ、チェックの順に進みます。

低未利用土地等の100万円控除とは｜売値が低いほど使える特例

先に答えを言うと、この特例は「使われていない土地を、安くても売ってもらう」ための後押しです。売った利益（譲渡所得）から最大100万円を引けるので、その分、税金の計算のもとになる所得が減ります。

国土交通省の資料には、狙いが次のように書かれています。売ったお金が思ったより少ないうえ、測量費や解体費の負担が重く、さらに税金までかかるなら、土地を売らずに放っておく人が出てくる。それを防ぐために作られた制度だ、という説明です。小さくて安い土地を持て余している方に、向いた特例と言えます。

国税庁のタックスアンサー（よくある税の質問）No.3226は、この特例をこう案内しています。個人が、令和2年7月1日から令和10年12月31日までの間に、都市計画区域内にある一定の低未利用土地等を500万円以下（一定の場合は800万円以下）で売ったとき、その年の譲渡所得から100万円を控除できる。譲渡所得が100万円に満たなければ、その金額が控除額になる、とあります。

期限と金額は「いまの法律」で確かめた

この特例は、改正で期限や上限が動くことがあります。インターネットには、古い案内（令和7年12月31日まで、と書かれたもの）が残っています。そこで、この記事の数字は次の2つで確かめました。

• 国税庁タックスアンサー No.3226（令和8年4月1日現在の法令等）：期間は令和2年7月1日から令和10年12月31日まで。売値の上限は500万円、市街化区域などは800万円
• e-Gov 法令検索の租税特別措置法（令和8年10月1日施行の版）：同じく令和10年12月31日までで、500万円（800万円の区域あり）。条文の言葉は、国税庁の案内と合っていました。800万円の区域を決める施行令も同じ内容でした

国土交通省の通知（令和8年4月2日改正）も、800万円に引き上げた区域は令和5年1月1日から令和10年12月31日まで、と書いています。なお、特例の期限は税制改正で変わることがあるので、実際に売る時期が近づいたら、国税庁のタックスアンサーで最新の文面を見直してください。

先に確認：この特例が使えない・効果が薄い3つの場合

この特例は、条件に合わなければ使えません。調べる手間をむだにしないために、使えない、または使っても意味が薄い場合を先に挙げます。

1つ目の「売値」は、土地だけでなく、古家など土地の上にある資産の代金も合計して見ます。条文にも、土地と一緒に売る土地の上の資産の対価を含める、と書かれています。古家付きで売る場合、契約書で土地と建物の代金を分けても、合計で判断されると考えてください。

2つ目は、注意が要る点です。この特例が引くのは「売った利益」です。売った値段から、買ったときの値段（取得費）と売るための費用（譲渡費用）を引いて、まだ利益が残るときに初めて意味があります。買ったときより安く売る場合は、そもそも利益が出ません。利益の出し方は土地を売ったときの確定申告での利益の計算で説明しています。

3つ目は、同じ売却で別の特例を使う場合です。国税庁の案内では、収用等の特別控除や、事業用資産の買換えの特例などを受ける場合は、この特例を受けられないと書かれています。居住用財産の3,000万円控除も、条文の上では同じ扱いです。どちらを使うかで税額が変わるので、比べるときは税理士か税務署に聞きます。

自分の土地が当てはまるか、順番に確かめる

使えない3つに当てはまらなければ、次の表の順に確かめます。どれか1つでも「いいえ」なら、この特例は使えません。上から順に見ていけば、早い段階で行き止まりが分かります。

3の「使われていないか」と、5の「上限が800万円か500万円か」は、自分では判断しにくいところです。順に説明します。

古家付きの土地は、低未利用土地にあたるのか

人が住んでいない空き家の敷地は、国税庁の案内にある「居住の用、事業の用その他の用途に利用されていない土地」に当てはまる、というのが国土交通省の説明です。反対に、今も住んでいる家の敷地は、使われているので対象になりません。貸して使われている土地も、同じ考え方です。

使われていないことは、言葉だけでなく、書類で示します。国土交通省の説明資料（期限が令和7年末と書かれた版）には、売主が出す書類の例として、次のものが載っています。

• 市区町村の空き家・空き地バンクに登録したことが分かる書類
• 不動産会社が「現況は空き家」「現況は更地」と出した広告
• 電気・水道・ガスの使用をやめた日が分かる書類

売主がこうした書類を用意できないときは、不動産会社が低未利用土地であることを証明する書類で代えられます。こちらは、令和8年4月2日に改正された国土交通省の通知（不動産会社向け）で確かめました。

ただし、書類の例を並べた「別表」は、改正後の版を開けていません。電気・水道・ガスの使用をやめてから契約までに必要な期間なども、この記事では書いていません。何を出せば足りるかは、売る前に区の窓口で聞いてください。

古家を取り壊して更地で売る場合も、空き地として扱われます。取り壊す費用は、売るために直接かかった費用（譲渡費用）に入るので、利益の計算で引けます。古家のまま売るか、壊して売るかは、古家付き土地の売却で比べています。

売値の上限が800万円か500万円か

上限は、土地のある場所で変わります。国税庁の案内では、800万円になるのは、市街化区域、用途地域が定められている区域（区域区分のない都市計画区域内）、所有者不明土地対策計画を作った市町村の区域です。それ以外の都市計画区域内は500万円です。

「市街化区域」とは、すでに市街地になっている区域や、これから市街地にしていく区域のことです。23区の土地について、東京都都市整備局の資料には、多摩川・荒川・江戸川などの主要な河川・河川敷と海面を除き、市街化区域になっている、と書かれています。

つまり、市街化区域にある土地なら上限は800万円です。ただし、川沿いなどに市街化区域でない場所があるため、「23区ならどこでも800万円」とは言えません。自分の土地がどちらかは、区の都市計画の担当課か、区の都市計画図で、住所（地番）を伝えて確かめます。区が出す確認書にも、800万円の区域にあたるかを書く欄があります。

確認書の取り方｜売る前に、買主の協力も要る

確認書は、売った土地がある市区町村が出します。税務署ではありません。確認書がないと、確定申告でこの特例を使えません。国税庁の案内でも、確定申告書に添える書類として、市区町村長が確認した旨を書いた書類が挙げられています。

国土交通省の説明資料によると、申請には、売主の申請書、売買契約書の写し、低未利用土地であることを示す書類（先ほどの例）、買主の利用の意向を書いた書類が必要です。買主の利用意向の書類は、不動産会社が仲介した場合は不動産会社と買主の署名、直接売る場合は買主の署名が要る、と説明されています。

つまり、売主ひとりでは書類が揃いません。国土交通省の通知（不動産会社向け）では、仲介する不動産会社が、売主から特例を使う意向を聞いたら、売買契約のときに買主へ利用の意向を確認し、書類に買主の記名をもらう、という手順になっています。この特例を使うことを知らないまま契約が進むと、あとから署名をお願いする形になります。契約の前に、買主と仲介会社へ使う予定だと伝えておくと、確認書の段階の手間が減ります。

買主の記名が得られないときは、譲渡後に実際に使われていることを不動産会社が確かめた書面で代える道もあります（同じ通知）。

窓口になる課は、区によって違います。確かめられた墨田区と世田谷区は、どちらも都市計画の課ではなく、空き家を担当する課でした（各区の公式サイト、2026年10月に閲覧）。

• 墨田区：安全支援課の安全支援・空き家対策担当。窓口か郵送で申請でき、当日の発行はできません。申請から交付まで2〜3開庁日かかり、確定申告の時期は、もっとかかる場合があると書かれています
• 世田谷区：建築安全課の空家・老朽建築物対策担当。被相続人居住用家屋等確認書と同じ窓口で受け付けています。同じページには、その確認書は交付まで2週間程度かかるとあり、低未利用土地等確認書の日数は書かれていません

手数料は、この2区のページには書かれていませんでした。申請の時期も、区ごとの案内は見つけられていません。国土交通省の説明資料（令和7年末版）は売買契約書の写しを申請の書類に挙げているので、契約を結んだあとが基本の形と考えられます。契約の前に相談できるかは、区に聞いてください。

ほかの21区は、担当課を確かめられていないので、この記事には書いていません。区のホームページで「低未利用土地等確認書」と検索するか、区役所の代表電話で「低未利用土地の特別控除の確認書はどこの課か」と聞くと、つながります。確認書は特例を約束する書類ではないので、使えるかの最終判断は、税務署か税理士に聞きます。

税額と手続きの窓口を分けて考える

この特例では、相談先が3つに分かれます。誰に何を聞くかを分けておくと、たらい回しにあいにくくなります。

特例の対象は、所得税と個人住民税です（国土交通省の案内による）。確定申告を出すと、住民税にも反映されます。

売った年の所得は、翌年度の国民健康保険料や介護保険料の計算に使われる場合があります。特別控除を引く前の金額で見るか、引いたあとで見るかは、区や計算の場面で違います。詳しくは土地を売ったら翌年の国民健康保険料はどうなる？に、墨田区と世田谷区で確かめた内容をまとめています。ただし、その2区のページが書いているのは「特別控除」という言い方までで、この100万円控除を名指しした説明は見つかりませんでした。そのため、この100万円控除が保険料の計算で「引く前」か「引いたあと」かは、この記事では書いていません。売る前に、国民健康保険や介護保険の窓口へ、この控除を使う予定を伝えて聞いてください。

税金の計算そのものを知りたいときは、土地売却の税金と費用で、自分で見積もる手順を整理しています。相続した土地で、取得費に相続税を足せる特例とこの特例を同じ年に使えるかは、条文だけでは言い切れないので、税理士に確かめる項目です。相続税の話は取得費加算の特例はいつまで？にあります。

売値が低い小さな土地で、買い手と売り方を考える

この特例は、売る相手と売り方にも関わります。特別な関係の人には使えず、買主が売ったあとに使う予定であることも条件だからです。

例えば、隣の家が敷地を広げるために買う場合、隣の人が配偶者や子など（直系血族）、または生計が同じ親族でなければ、特別な関係には当たりません。買主が「敷地を広げて使う」「新しく家を建てる」と利用の予定を書面に書き、区がそれを確認する形になります。国土交通省の資料にも、隣地を取得して敷地を広げる事例が出ています。

気をつけたいのは、買ったあとの使い方です。国土交通省の通知（令和8年4月2日改正）では、駐車場（立体駐車場を除く）や資材置場のように、使われていない土地と同じ扱いになる使い方は、譲渡後の利用と認められません。買った人が使わずに転売する場合も、原則として認められません。

売り先が不動産会社のときも、同じ見方になります。ただし、不動産会社が空き家の中古住宅を買い取り、一定の質を高めるリフォームをして売る「買取再販」は、認めて差し支えないと通知に書かれています。更地を買って建売住宅を建てて売る場合などは、通知から読み取れないため、区の窓口で聞く項目です。相談する前に、売り方ごとに何が変わるかを比べておくと、話が早くなります。仲介で買い手を探すか、業者に買い取ってもらうかは狭小地の買取とは？仲介との違いで比べています。古家付きのままの買取は空き家の買取にまとめました。

売値の上限を気にして、安く売りすぎることもあります。上限以内に収めるために値段を下げると、特例で減る税金よりも、受け取るお金の減り方のほうが大きくなる場合があるからです。売値は、買い手の探し方と、土地の状態で決まります。特例は、決まった売値に対して使えるかを見るものです。

土地がいくらくらいで売れそうか、まずは複数の会社の査定額を並べてみると、売値が上限の内か外かの見当がつきます。

よくある質問

Q. 古家が建ったままの土地でも、この特例は使えますか？

空き家になっている古家の敷地は、低未利用土地として扱われる、というのが国土交通省の説明です。ただし、使われていないことを、電気・水道・ガスの使用中止日や、不動産会社の広告などの書類で示す必要があります。人が住んでいる間は対象外です。

Q. 相続した土地の、5年を超える所有期間はいつから数えますか？

国税庁のタックスアンサーNo.3202では、相続で取得した土地の所有期間は、原則として亡くなった方が取得した日から数えます。ご自身が相続した日からではありません。売った年の1月1日の時点で5年を超えているかを見ます。

Q. 売値が800万円ちょうどでも使えますか？

条文は「800万円を超えるもの」を対象から外しています。800万円ちょうどは、超えていません。ただし、上限が800万円になるのは市街化区域などです。土地がどちらの区域かを先に確かめます。

Q. 税金は100万円安くなりますか？

安くなるのは100万円ではありません。引けるのは、税金を計算するもとの所得で、最大100万円です。実際に減る税額は、その人の状況で変わります。個別の計算は税理士か税務署に聞いてください。

Q. 確認書は、売ったあとでも取れますか？

申請の時期や必要書類は、区によって違う可能性があります。国土交通省の説明資料（令和7年末版）では、売買契約書の写しが申請の書類に入っているので、契約を結んだあとの申請が基本の形と考えられます。墨田区は申請から交付まで2〜3開庁日と案内していますが、日数は区で違います。契約前に相談できるかも含めて、土地のある区の窓口で確かめてください。

まとめ

• 売る価格が500万円以下（市街化区域などは800万円以下）で、5年を超えて持っていた個人の土地なら、長期譲渡所得から最大100万円を引ける。期間は令和10年12月31日までの売却（国税庁 No.3226、令和8年4月1日現在）
• 売値の上限は、建物の代金も合計する。売値が上限を超える、利益が出ない、ほかの特例を使う、身内に売る場合は、この特例を使えない
• 使えるかは、個人か・都市計画区域内か・低未利用か・5年超か・売値・買主・利用予定・分筆の履歴・ほかの特例、の順に確かめる
• 確認書は市区町村が出す。確認書がないと確定申告で使えない。買主の署名が要る書類があるので、買主と仲介会社の協力が要る
• 税額は税理士か税務署、確認書は市区町村、署名は買主と仲介会社、と窓口を分ける

出典：国税庁 タックスアンサー No.3226「低未利用土地等を譲渡した場合の長期譲渡所得の特別控除」（令和8年4月1日現在法令等）、国税庁 タックスアンサー No.3202「譲渡所得の計算のしかた（分離課税）」、租税特別措置法とその施行令の、低未利用土地等を譲渡した場合の長期譲渡所得の特別控除の規定（e-Gov 法令検索、令和8年10月1日施行の版）、土地基本法の、低未利用土地の定義の規定（e-Gov 法令検索）、国土交通省「不動産市場整備：土地の譲渡に係る税制」、国土交通省「低未利用土地等の譲渡に係る所得税及び個人住民税の特例措置の適用に当たっての要件の確認について」（国土動整第8号、令和8年4月2日改正）と「…に係る事務について」（国土動整第10号、同日改正）、国土交通省「低未利用地の利活用促進に向けた長期譲渡所得の100万円控除について」（説明資料。期限は令和7年12月31日と書かれた版のため、期限の数字は使っていない）、東京都都市整備局の都市計画の資料（都市計画区域・区域区分）、墨田区「低未利用土地等確認書の交付について」、世田谷区「被相続人居住用家屋等確認書等の交付手続について」。いずれも2026年10月に閲覧。制度の期限・金額は税制改正で変わることがあります。